- Bangunan asal merupakan sebuah masjid kayu yang dibina oleh Saidina Umar Al-Khatab r.a.
- Masjid tersebut walau bagaimanapun telah digantikan oleh Khalifah Abdul Malik ibn Marwan dan anaknya Al Walid ibn Abdul Malik pada tahun 705.
- Masjid ini sering dikelirukan dengan seluruh kawasan Al-Aqsa.
- Menurut Abu Dharr r.a sewaktu beliau bertanyakan kepada Rasullulah s.a.w :
"
- Apabila tentera Salib berjaya menguasai Jerusalem pada 1099, Masjidil Aqsa telah dihina. Khinzir telah diletakkan di mihrab manakala salah satu sudut ruang masjid telah dijadikan gereja. Menurut Imam Eddin r.a, penulis riwayat Salahuddin al-Ayubi, mihrab dipenuhi khinzir dan najis.
- Mimbar asal dianggap sebagai antara mimbar terindah di dunia serta menampilkan gabungan pertukangan kayu, gading dan mutiara yang dirapikan tanpa menggunakan paku mahupun pelekat. Sewaktu Masjidil Aqsa berjaya dirampas kembali oleh orang-orang Islam, ramai jemaah diriwayatkan menangis apabila Qadi Muhyidin Al-Qurashi menaiki mimbar. Mimbar tersebut walau bagaimanapun telah dibakar dalam sebuah serangan oleh pelancong Australia pada tahun 1969. Pelancong tersebut walau bagaimanapun dikatakan menghidapi tekanan emosi.
- Masjidil Aqsa saban tahun menjadi sasaran serangan sehingga ke hari ini. Serangan terakhir berlaku sekitar September 2015.